Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento contribuye al estudio de la biodiversidad antártica

Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento contribuye al estudio de la biodiversidad antártica

Desde las especies más grandes y emblemáticas como ballenas y delfines, hasta las más pequeñas como las bacterias. El supercomputador del NLHPC avanza hacia la exploración de preguntas sobre conservación y efectos del cambio climático en la Antártica, a través de una colaboración entre el Instituto Milenio BASE y el Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la Universidad de Chile.

Es el equivalente de cientos de notebook que permiten trabajar con set de datos de gran tamaño, o complejos, y que está contribuyendo al estudio de la biodiversidad en territorios australes como Punta Arenas, Puerto Williams e incluso la Antártica. Es el Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento, conocido como NLHPC, que, a través de una colaboración con el Instituto Milenio Biodiversidad de Ecosistemas Antárticos y Subantárticos, conocido también como Instituto Milenio BASE, procesamos datos de biodiversidad en un esfuerzo de conservación que busca describir y predecir la distribución dinámica de las especies en un contexto de crisis climática.

El Dr. Guillaume Schwob, investigador postdoctoral francés del Instituto Milenio BASE, estudia la Ecología Microbiana y señala que para el estudio de microorganismos se emplea el NLHPC para poder definir cuáles son las especies bacterianas que viven en el continente blanco: “Cuando trabajamos con microorganismos, recuperamos desde el ambiente (que puede ser abiótico como el suelo, sedimento de lago, agua de mar, o biótico como efectos de la presencia de animales, plantas o líquenes), pequeños fragmentos de ADN. Estos fragmentos son secuencias de cuatro letras y que tienen un tamaño aproximado de unas 400. Esto es muy importante porque el orden de las letras nos permite definir cuáles son las especies microbianas que viven en la Antártica”, dice.

Dr. Guillaume Schwob, investigador postdoctoral del Instituto Milenio BASE. Foto: I. Milenio BASE / N. Politis

El doctor en Ecología Microbiana subraya que procesar datos de gran volumen requiere el uso de supercomputadores, como el NLHPC: “Por ejemplo, en nuestro último estudio teníamos 47 millones de secuencias que fueron analizadas. Y si hubiésemos querido escribir estas secuencias en hojas de papel habría sido el equivalente de 2 millones de páginas que se extenderían desde la ciudad de Punta Arenas hasta la base chilena Julio Escudero en isla Rey Jorge, en la Antártica, en una extensión cercana a los 1.200 kilómetros”, subraya.

En la actualidad, el uso de datos de biodiversidad permite avanzar hacia la exploración de preguntas sobre conservación y efectos del cambio climático en la Antártica, a través de la descripción de especies, conociendo de qué forma llegan a lugares aislados, poco explorados y cuáles son las condiciones ambientales que les permiten permanecer en esos lugares, así como predecir cómo la distribución de estas especies van a cambiar en el futuro, en respuesta al cambio climático…¿Las especies se podrán adaptar?

El Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC) es el supercomputador más potente de Chile y uno de los más poderosos en Sudamérica. Está especializado en computación de altas prestaciones, en 2011 comenzó a operar en el Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la Universidad de Chile y actualmente constituye la red científica más grande del país que comparte una infraestructura.

El Instituto Milenio BASE, un programa de la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID), perteneciente al Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación de Chile, busca generar conocimiento científico de frontera y formar jóvenes investigadores en torno a la biodiversidad de los ecosistemas antárticos y subantárticos, con el fin de comprender, evaluar y predecir los efectos del cambio climático sobre la biota. Esto, con el objetivo de proponer políticas de conservación y gobernanza para la Antártica, el océano Austral y las regiones subantárticas, así como sensibilizar y comunicar a un público amplio sobre las amenazas que enfrentan estos ecosistemas.

Por Nadia Politis, periodista del Instituto Milenio BASE.

Posted on Apr 1, 2024 in Frontpage, Noticias en castellano